Sorokin D.V.

sorokin.png

Dmitry V. Sorokin
PhD student: 2008–2011
Senior scientist since 2015

Interests: mathematical methods of image processing, Hermite and Laguerre functions in image analysis.

Email:

 

 

Publications:

2019

C. Castilla, M. Maška, D. V. Sorokin, E. Meijering, C. Ortiz-de-Solórzano. “3-D quantification of filopodia in motile cancer cells” // IEEE Transactions on Medical Imaging, Vol. 38, No. 3, 2019, pp. 862−872.

N. A. Anoshina, T. B. Sagindykov, D. V. Sorokin. “A method for generation of synthetic 2D and 3D cryo-EM images” // Programming and Computer Software, Vol. 44, No. 4, 2019, pp. 240−247.

2018

D. V. Sorokin, I. Peterlik, V. Ulman, D. Svoboda, T. Necasova, K. Morgaenko, L. Eiselleova, L. Tesarova, M. Maska. “FiloGen: A model-based generator of synthetic 3D time-lapse sequences of single motile cells with growing and branching filopodia” // IEEE Transactions on Medical Imaging, Vol. 37, No. 12, 2018, pp. 2630−2641.

E. A. Arifulin, D. V. Sorokin, A. V. Tvorogova, M. A. Kurnaeva, et al. “Heterochromatin restricts the mobility of nuclear bodies” // Chromosoma, Vol. 127, No. 4, 2018, pp. 529−537.

D. V. Sorokin, I. Peterlik, M. Tektonidis, K. Rohr, P. Matula. “Non-rigid contour-based registration of cell nuclei in 2D live cell microscopy images using a dynamic elasticity model” // IEEE Transactions on Medical Imaging, Vol. 37, No. 1, 2018, pp. 173−184.

Н. А. Аношина, Т. Б. Сагиндыков, Д. В. Сорокин. «Метод синтеза реалистичных 2D и 3D изображений крио-электронной микроскопии» // Программирование, т. 4, 2018, с. 46−54.

A. Yu. Kondratiev, Hideyuki Yaginuma, Yasushi Okada, D. V. Sorokin. “A method for automatic tracking of cell nuclei in 2D epifluorescence microscopy image sequences” // In: The eighth International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications (IPTA). 2018.

I. Peterlik, D. Svoboda, V. Ulman, D. Sorokin, M. Maška. “Model-based generation of synthetic 3d time-lapse sequences of multiple mutually interacting motile cells with filopodia” // In: Lecture Notes in Computer Science, Vol. 11037. 2018, pp. 71−79.

Carlos Castilla, Martin Maška, D. V. Sorokin, Erik Meijering, Carlos Ortiz-de-Solorzano. “Segmentation of actin-stained 3D fluorescent cells with filopodial protrusions using convolutional neural networks” // In: IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: Nano to Macro (ISBI). 2018, pp. 413−417.

2016

M. Franek, J. Suchánková, P. Sehnalová, J. Krejčí, S. Legartová, S. Kozubek, J. Večeřa, D. V. Sorokin, E. Bártová. “Advanced image acquisition and analytical techniques for studies of living cells and tissue sections” // Microscopy and Microanalysis, Vol. 22, No. 2, 2016, pp. 326−341.

S. Legartová, P. Sehnalová, B. Malyšková, T. Küntziger, P. Collas, D. Cmarko, I. Raška, D. V. Sorokin, S. Kozubek, E. Bártová. “Localized movement and levels of 53BP1 protein are changed by γ-irradiation in PML deficient cells” // Journal of Cellular Biochemistry, Vol. 117, No. 11, 2016, pp. 2583−2596.

Y. R. Musinova, O. M. Lisitsyna, D. V. Sorokin, E. A. Arifulin, T. A. Smirnova, R. A. Zinovkin, D. M. Potashnikova, Y. S. Vassetzky, E. V. Sheval. “RNA-dependent disassembly of nuclear bodies” // Journal of Cell Science, 2016.

A. Yu, Kondratyev, D. V. Sorokin. “Automatic detection of laser-induced structures in live cell fluorescent microscopy images using snakes with geometric constraints” // In: IEEE 23rd International Conference on Pattern Recognition, ICPR 2016. 2016.

2015

P. Matula, M. Maška, D. V. Sorokin, P. Matula, C. Ortiz-de-Solórzano, M. Kozubek. “Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs” // PLoS ONE, Vol. 10, No. 12, 2015, e0144959.

D. V. Sorokin, L. Stixová, P. Sehnalová, S. Legartova, J. Suchánková, P. Šimara, S. Kozubek, P. Matula, M. Skalníková, I. Raška, E. Bártová. “Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by γ-irradiation in G2 phase of the cell cycle” // Nucleus (Austin, Tex.), Vol. 6, No. 4, 2015, pp. 301−313.

2014

E. Bártová, V. Foltánková, S. Legartová, P. Sehnalová, D. V. Sorokin, J. Suchánková, S. Kozubek. “Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and γ-radiation affects localized movement of Cajal bodies” // Nucleus (Austin, Tex.),, Vol. 5, No. 3, 2014, pp. 269−277.

L. Stixová, P. Sehnalová, S. Legartová, J. Suchánková, T. Hrušková, S. Kozubek, D. V. Sorokin, P. Matula, I. Raška, A. Kovařík, J. Fulneček, . “HP1β-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs” // Epigenetics and Chromatin, Vol. 7, No. 39, 2014, pp. 1−17.

J. Suchánková, S. Legartová, P. Sehnalová, S. Kozubek, S. Valente, D. Labella, A. Mai, C. Eckerich, F. O. Fackelmayer, D. V. Sorokin, E. Bárt. “PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage” // European Journal of Histochemistry, Vol. 58, No. 2, 2014, pp. 139−151.

D. V. Sorokin, J. Suchánková, E. Bártová, P. Matula. “Visualizing stable features in live cell nucleus for evaluation of the cell global motion compensation” // Folia biologica, Vol. 60, Suppl. 1, 2014, pp. 45−49.

D. V. Sorokin, M. Tektonidis, K. Rohr, P. Matula. “Non-rigid contour-based temporal registration of 2D cell nuclei images using the navier equation” // In: IEEE 11th International Symposium on Biomedical Imaging, ISBI 2014. 2014, pp. 746−749.

2013

V. Foltánková, P. Matula, D. V. Sorokin, S. Kozubek, E. Bártová. “Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body colocalization in DNA lesions” // Microscopy and Microanalysis, Vol. 19, No. 2, 2013, pp. 360−369.

2012

A. S. Krylov, D. V. Sorokin, D. V. Yurin, E. V. Semeikina. “Use of color information for keypoints detection and descriptors construction” // Lecture Notes in Computer Science, Intelligent Science and Intelligent Data Engineering, Vol. 7202, 2012, pp. 389−396. Springer.

D. V. Sorokin, A. S. Krylov. “A projection local image descriptor” // Pattern Recognition and Image Analysis, Vol. 22, No. 1, 2012, pp. 380−385. Springer.

2011

D. V. Sorokin, M. M. Mizotin, A. S. Krylov. “Gauss-Laguerre Keypoints Extraction Using Fast Hermite Projection Method” // In: International Conference on Image Analysis and Recognition (ICIAR'2011), Lecture Notes in Computer Science, Vol. 6753. Burnaby, BC, Canada, 2011, pp. 284−293. PDF.

Д. В. Сорокин, Ю. И. Рудяк, А. С. Крылов. «Выделение перекрытий фонового объекта снятого с разных ракурсов» // в: Труды 13-й международной конференции «Цифровая обработка сигналов и её применение» (DSPA'2011), т. 2. Москва, 2011, с. 192−195.

D. V. Sorokin, A. S. Krylov. “Gauss–Laguerre–Hermite Method of Keypoint Extraction” // Pattern Recognition and Image Analysis, Vol. 21, No. 2, 2011, pp. 332−334. Springer.

A. S. Krylov, D. V. Sorokin. “Gauss-Laguerre Keypoints Descriptors for Color Images” // In: Proceedings of Visual Communication and Image Processing (VCIP'2011). Tainan, Taiwan, 2011, pp. 1−4. PDF.

2010

D. V. Sorokin, A. S. Krylov. “Short Reference Image Quality Estimation Using Modified Angular Edge Coherence” // In: 20-th International Conference on Computer Graphics GraphiCon'2010. St. Petersburg, Russia, 2010, pp. 137−140. PDF.

D. V. Sorokin, A. S. Krylov. “Laguerre Projection Method for Finite Hankel Transform of Arbitrary Order” // Moscow University Computational Mathematics and Cybernetics, Vol. 34, No. 4, 2010, pp. 149−156. Link.

Д. В. Сорокин, А. С. Крылов. «Проекционный метод Лагерра для конечного преобразования Ганкеля произвольного порядка» // Вестник МГУ. Серия «Вычислительная математика и кибернетика», №. 4, 2010, с. 3−10.

D. V. Sorokin, A. S. Krylov. “Fast Gauss-Laguerre Keypoints Extraction using 2D Hermite Functions” // In: Proceedings of 10th Conference on Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies, Vol. 1. St. Petersburg, Russia, 2010, pp. 339−342.

2008

A. Krylov, A. Nasonov, D. Sorokin. “Face image super-resolution from video data with non-uniform illumination” // In: 18-th International Conference on Computer Graphics GraphiCon'2008. Moscow, Russia, 2008, pp. 150−155. PDF.